Più complesso è stato l'intervento di restauro sui due altari laterali. I manufatti  erano conservati in maniera pessima cornici mancanti con tracce irrilevanti di riscontro degli originali e la quasi completa mancanza della policromia autentica. Per l'intervento di restauro, non avendo documentazione certa, ci siamo basati sulle indicazioni che ci ha offerto l'altare maggiore, coevo per costruzione e stile degli stessi. Di fatto abbiamo ripreso lo stile delle modanature dell'altare maggiore e riportate negli altri altari, per il colore ci siamo basati per l'altare sinistro sulle gradazioni di colore e reintegrando anche il finto marmo come nell'altare maggiore. In questo altare durante la ripulitura abbiamo ritrovato nello specchio sotto l'altare delle tracce del disegno originale, quindi abbiamo ricostruito il disegno autentico e come raffigurazione è stato scelto il giglio che è il simbolo di San Giuseppe visto che sopra l'altare è collocato un quadro che rappresenta al centro il Santo, sicuramente questa interpretazione, che esce dalle regole rigorose di un restauro conservativo è stata fatta per motivi devozionali. Anche per il secondo altare è stata scelta la stessa linea, per il colore finale ci siamo basati sul quadro posto sopra l'altare che rappresenta l'annunciazione e quindi abbiamo scelto le stesse cromie dell'altare sinistro e un colore celeste per i riquadri, che richiama la devozione Mariana.